Haupteingang des Hauptgebäude mit Hakenkreuzfahnen

Die nationalsozialistische Machtergreifung an der BOKU war gekennzeichnet durch einen Machtverlust der Professoren mit einem Machtgewinn der Dozentenschaft, wie nirgends sonst in Österreich. Wie an anderen österreichischen Hochschulen dauerte der Gleichschaltungsprozess nur wenige Wochen, die bürokratische Abwicklung der Säuberungsmaßnahmen in einzelnen Fällen bis ins Wintersemester 1938/39.

Nach der Machtübernahme wurden mehrere Professoren enthoben, in den meisten Fällen fielen die Stellen an jene Lehrenden/politisch zuverlässige Wissenschafter zurück, die sie 1934 – als Nationalsozialisten – verloren hatten.

Rektor Dr. Emmerich Zederbauer wurde am 14. März 1938 enthoben (in den dauernden Ruhestand mit Ende Mai 1938 versetzt) und bereits im April 1938 nach Dachau deportiert. Ein halbes Jahr später wurde er als körperlich und seelisch gebrochener Mann entlassen. Ein noch schlimmeres Schicksal erfuhr Prof. Dr. Hans Karl Zessner-Spitzenberg. Er verstarb am 1. August 1938 an seinen inneren Verletzungen, verursacht durch Misshandlungen des Wachpersonals, im Krankenrevier des KZ Dachau. Sieben weitere Professoren fielen den nationalsozialistischen „Säuberungen“ zum Opfer, zehn Dozenten wurde die venia legendi entzogen.

Die enthobenen Professoren und Dozenten wurden durch politisch zuverlässige Wissenschafter ersetzt.

Inhaltlich wurden für die Arbeit an der Hochschule für Bodenkultur zwei Schwerpunkte festgelegt, die Betreuung des Südostens und Sonderaufgaben für alpine Land- und Forstwirtschaft. Kriegsbedingt erlebte erstmals in der Geschichte der BOKU die Forschung eine klare Aufwertung gegenüber der Lehre. Fünf Außeninstitute wurden während der Kriegsjahre eingerichtet.

In die Amtszeit von Rektor Prof. Porsch (bis 31. Jänner 1941) fällt die Anpassung an die reichsdeutschen Studienpläne.

Der Studienbetrieb wurde mehrmals umstrukturiert (Trimesterregelung, Studiendauer, Titelfrage,...). Die Studentenzahlen sanken, einerseits auf Grund des Studienverbots für jüdische Hörer, ein beträchtlicher Anteil des Rückgangs ist jedoch auch auf  Einberufungen zur Wehrmacht zurückzuführen.

Die drei Studentenverbindungen an der BOKU wurden aufgelöst und durch Kameradschaften ersetzt.

Die Evakuierung und Verlagerung von Instituten in den Westen Österreichs ließ den Standort Wien 1944 und 1945 beinahe verwaist erscheinen.

Bereits am 24. April 1945 fanden sich sieben Professoren zur ersten Kollegiumssitzung unter dem Vorsitz von Prof. Steden ein. Folgende Probleme gab es vordringlich zu lösen: die (Wieder-) Errichtung der akademischen Verwaltung, die Bestandsaufnahme des Personals und die Sicherung des Gebäudes, der Räume und Einrichtungen.